Cara Download ChemSketch

Ringkasan ini tidak tersedia. Harap klik di sini untuk melihat postingan.

ChemSketch

ChemSketch adalah software yang digunakan untuk mengambar dan memodelkan struktur kimia seperti software ChemOffice. Software ChemSketch dapat mengambar struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D. Software ini sangat mudah digunakan, hanya dengan mengklik dan mendrag tool-tool yang tersedia untuk mengambar struktur yang diinginkan. Program ini juga menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat, asam nukleat, DNA/RNA, lab kit (semua peralatan kimia berupa gelas), orbital, senyawa phospor, steroid, terpen, dll. Software ini juga menyediakan pengambaran kurva dan grafik. ChemSketch dikeluarkan oleh ACD/labs.com yang didownload secara gratis (freeware), bagi teman-teman yang suka, yang gratis-gratis silakan download software ini disini.., dijamin ngga bakal nyesal ???
Buat yang mau tutorialny ini ada beberapa video...monggo d buffer

Chemsketch Basic Tutorial

sumber :   http://faijalchemistry.blogspot.com/2010/07/chemsketch.html

                 http://tunasalamuin.blogspot.com/2011/12/chemsketch-tutorial.html

Contoh analisa menggunakan Hyperchem

1. Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana. Pilih unsur dari tabel periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse. Dengan mouse kita dapat mengkontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah struktur.
2. Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi terlebih dahulu untuk mengontrol operasi dari tools.
3. Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dapat dikerjakan dengan HyperChem’s model builder.
4. Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah. Kita dapat melakukan constraint terhadap panjang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom yang diinginkan.


Display Molekular (Molecular Display)
· Pilihan rendering : Ball-and-stick, fused CPK spheres dengan pilihan shading and highlighting. Juga vdW dots, cylinders dan overlapping spheres.
· Ribbon rendering untuk protein backbones, dengan pilihan sidechain display.
· 3D Isosurfaces atau 2D contour plots untuk: muatan total, kerapatan muatan, orbital molekul, kerapatan spin, potensial elektrostatik (ESP), ESP dipetakan pada 3D charge density surface.
· Pilihan isosurface rendering: wire mesh, Jorgensen-Salem, transparent dan solid surfaces, Gouraud shaded surface.
· Selama simulasi dapat ditampilkan rerata energi kinetik , energi potensial, energi total dan parameter molekul seperti panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi.
· Animasi mode vibrasi dari spektra IR


Kimia Komputasi

Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi. Selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau simulasi Metropolis Monte Carlo.

Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimisasi geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekular, simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.
1. Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang telah ditentukan (tanpa proses optimasi)
2. Perhitungan optimisasi geometri menggunakan algoritma minimisasi energi untuk mendapatkan struktur paling stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.
3. Perhitungan frekuensi Vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi. Spektrum teroptimisasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.
4. Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung. Dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem 5.
a) Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses unimolekular atau setiap system molecular yang mode vibrasi naturalnya cenderung menuju ke suatu keadaan transition.
b) Metode Synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda. Terdapat dua metodologi synchronous transit yang diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear synchronous Transit (LST) dan Quadratic Synchronous transit (QST).
5. Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem molekular. Waktu pemanasan, keseimbangan dan pendinginan dapat diterapkan dalam simulasi ini dan juga dapat digunakan untuk proses-proses yang bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan atau temperatur konstan.
6. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan pelarut tanpa memasukkan secara implicit molekul-molekul pelarut.
7. Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeksplorasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk sekuruh system yang sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

sumber : http://riskinurilsyamilal-kimiya.blogspot.com/2012/01/contoh-analisa-yang-dapat-dilakukan.html

Istilah dalam Kimia Komputasi

Molecular modeling merupakan suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan. (Leach, 2001). 

Molecular docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul. Molecular docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil. (Funkhouser, 2007).

Molecular Operating Environment (MOE) dikembangkan Chemical Computing Group (www.chemcomp.com). MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan.

OV (Orbital Viewer) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan orbital atom dan molekul, membuat animasi maupun untuk melihat penampang lintang (struktur dalam) orbital. Dapat pula dibuat gambar 3D (yang dapat dilihat dengan kacamata 3D sperti yang digunakan untuk melihat sinetron 3D). (Modul Struktur dan Kereaktifan Kimia Anorganik, Dr. Ismunandar)

ab initio berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada perhitungan mekanika kuantum melalui beberapa pendekatan matematis, seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born Oppenheimer approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian persamaan differensial. (PENGANTAR KIMIA KOMPUTASI, Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si)

Kimia kuantum adalah sebuah aplikasi mekanika kuantum pada kimia. Kimia kuantum memungkinkan kita untuk memahami dan memprediksi struktur, sifat dan mekanisme reaksi dari berbagai bahan.

BS (Balls & Sticks) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan struktur kimia, terutama kristal, dalam 3D dan dapat menghasilkan gambar bitmap yang dapat disalin ke clipboard dan ditempelkan (paste) di dokumen pengolah kata (Word misalnya).

Mekanika Molekul merujuk pada penggunaan mekanika Newton untuk memodelkan sistem molekul. Pendekatan mekanika molekul secara luas diterapkan pada penemuan struktur molekul yang teliti, simulasi dinamika molekul, simulasi Monte Carlo, dan simulasi doking ligan.

Visualisasi data adalah proses menampilkan informasi dalam jenis representasi piktorial atau grafis. Sejumlah program komputer yang sekarang tersedia untuk menerapkan skema pewarnaan data atau bekerja dengan tiga dimensi representasi.

Orbital Gaussian atau Gaussian type orbitals (GTOs) adalah fungsi matematikayang menyatakan orbital atomdalam perhitungan orbital molekul. Istilah ini umum digunakan dalam kimia komputasi (kasmui)

Ab initio, Istilah “Ab initio” adalah bahasa latin untuk “dari awal”. Nama ini diberikan kepada perhitungan yang berasal langsung dari prinsip-prinsip teoritis, tanpa masuknya data eksperimen. Sebagian besar saat ini adalah mengacu ke perhitungan perkiraan kuantum mekanik. Perkiraan yang dibuat biasanya perkiraan matematika, seperti menggunakan bentuk fungsional sederhana untuk fungsi atau mendapatkan solusi perkiraan untuk sebuah persamaan diferensial.

Semiempirical yaitu perhitungan ditetapkan dengan struktur umum yang sama sebagai perhitungan HF. Dalam kerangka ini, potongan informasi tertentu, seperti dua integral elektron, yang didekati atau sama sekali dihilangkan. Dalam rangka untuk mengoreksi kesalahan diperkenalkan dengan menghilangkan bagian dari perhitungan, metode ini parameter, dengan melakukan suaian kurva dalam beberapa parameter atau nomor, untuk memberikan kesepakatan yang terbaik dengan data eksperimen.

Mekanika statistika adalah matematika berarti mengekstrapolasi sifat termodinamika bahan curah dari deskripsi molekul material. Banyak mekanika statistik masih pada tahap kertas dan pensil teori, karena mekanika kuantum tidak dapat menyelesaikan persamaan Schrödinger tepat lagi, mekanika statistik tidak benar-benar memiliki bahkan titik awal yang baik untuk perlakuan yang benar-benar ketat. Mekanika statistika perhitungan sering ditempelkan ke akhir perhitungan inito ab untuk properti fasa gas. Untuk properti fasa terkondensasi, sering molekul dinamika perhitungan diperlukan dalam rangka untuk melakukan percobaan komputasi.

Perhitungan simbolik, perhitungan simbolik dilakukan bila sistem yang terlalu besar untuk sebuah deskripsi atom-by-atom masih layak pada setiap tingkat pendekatan. Sebuah contoh mungkin gambaran membran dengan menjelaskan lipid individu sebagai perwakilan beberapa poligon dengan beberapa ekspresi untuk energi interaksi. Pengobatan semacam ini digunakan untuk biokimia komputasi dan bahkan mikrobiologi.

sumber : http://chempup-irwanto.blogspot.com/

BlankOn Linux

BlankOn Linux adalah sebuah distribusi Linux berbasis Ubuntu yang dikembangkan oleh tim pengembang BlankOn Indonesia dengan dukungan dari Yayasan Penggerak Linux Indonesia (YPLI).

Tujuan pengembangan distro Linux BlankOn adalah menghasilkan distro Linux yang sesuai dengan kebutuhan pengguna komputer umum di Indonesia, khususnya untuk dunia pendidikan, perkantoran, dan pemerintahan. BlankOn dikembangkan dengan dukungan multimedia seperti mp3, vcd, dan dvd. BlankOn didesain dengan tampilan grafis dan tema yang menampilkan ciri khas Indonesia. Pengembangan BlankOn akan terus dilakukan secara terbuka kepada publik. Kegiatan pengembangan ini diharapkan dapat menghasilkan rilis BlankOn satu hingga dua kali dalam setahun.

BlankOn adalah tutup kepala khas beberapa suku/budaya di Indonesia, antara lain suku Jawa (sebagian besar berasal dari provinsi Jawa Tengah, DIY, dan Jawa Timur), suku Sunda (sebagian besar berasal dari provinsi Jawa Barat dan Banten), suku Madura, suku Bali, dan lain-lain.

BlankOn juga berarti blank (bilangan biner 0) dan on (bilangan biner 1) atau topi digital (modern) dengan tampilan klasik (kuno). Arti lain kata BlankOn adalah perubahan dari blank (kosong) menjadi on (menyala atau berisi). Arti filosofi BlankOn adalah harapan agar pengguna distro BlankOn berubah dari belum sadar (kosong) menjadi sadar (berisi) bahwa ada Linux yang bisa dimanfaatkan untuk meningkatkan skill di bidang TI, martabat, dan kemandirian bangsa Indonesia.

BlankOn diharapkan dapat menjadi penggerak (activator) atau meningkatkan motivasi masyarakat Indonesia untuk menggunakan dan mengembangkan Linux dan FOSS lainnya. BlankOn juga sebagai pelindung (tutup kepala) dari ketergantungan terhadap perangkat lunak proprietary.

BlankOn 1.0

Nama kode : Bianglala

BlankOn 2.0

Nama kode : Konde - Dirilis 15 November 2007

BlankOn 3.0

Nama kode : Lontara - Dirilis 27 April 2008

BlankOn 4.0

Nama kode : Meuligoe - Dirilis 15 November 2008

BlankOn 5.0

Nama kode : Nanggar - Dirilis 16 Juni 2009

BlankOn 6.0

Nama kode : Ombilin - Dirilis 4 Juli 2010

BlankOn 7.0

Nama kode : Pattimura - Dirilis 17 Agustus 201

Setelah menghadirkan BlankOn versi 1 yang berbasis Fedora Core, YPLI dan Komunitas Ubuntu Indonesia mengembangkan BlankOn versi 2 (dengan kode nama "Konde") yang berbasiskan Ubuntu Linux. Informasi lebih lengkap bisa dilihat di wikipedia pengembangan BlankOn dan selalu terbuka kesempatan bagi siapa saja yang ingin terlibat dan berperan aktif dalam pengembangan BlankOn.

BlankOn Linux versi 1.0 dan versi 2.0 ini disponsori oleh UNESCO (United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization) dan beberapa lembaga lainnya

Source : BlankOn

Linux Live USB

LinuxLive USB Creator adalah suatu free software dan open source untuk Windows. Dan akan membantu Anda dalam penginstallan dengan Linux.

Bagi Anda, LiLi membuat sebagai installer portabel, virtual USB bootable dan dapat menjalankan Linux. 

Preparasi:

1. Download LinuxLive USB Creator dan install dikomputer anda. 
2. Pilih Start LinuxLive USB Creator from Start Menu -> All Programs -> LinuxLive USB Creator.is 
3. Pilih USB atau Drive yang terdapat file .iso 
4. Pilih .iso file yang akan menjadi Linux Live USB 
5. Pilih besaran Presistent data (biasanya antara 250MB - 2GB) 
6. Ceklis pada option sesuai yang diinginkan. (Biasanya ceklis Hide created file on key dan format the key in FAT32) 
7. Setelah itu klik tanda petir dan dimulai lah proses USB Creator pada USB anda (diingatkan jangan dilepas USB pada saat sedang melakukan proses ini) 
8. Bila terdapat bacaan finished maka proses Pinux Live USB creator telah selesai. 
9. Dan USB anda dapat digunakan sebagai Live USB 

Sumber: http://www.linuxliveusb.com/

Linux

Tentang Linux

Linux merupakan sistem operasi yang menggunakan sistem Unix. Linux merupakan contoh hasil pengembangan perangkat lunak bebas dan open source. Sehingga kode sumber linux dapat dimodifikasi sesuai dengan selera pengguna, dimodifikasi, dan dipublikasi secara legal.

Sistem operasi Linux yang dikenal dengan istilah distribusi Linux (Linux distribution) atau distro Linux umumnya sudah termasuk perangkat-perangkat lunak pendukung seperti server web, bahasa pemrograman, basisdata, tampilan desktop (desktop environment) seperti GNOME, KDE dan Xfce juga memiliki paket aplikasi perkantoran (office suite) seperti OpenOffice.org, KOffice, Abiword, Gnumeric dan LibreOffice.

Pengembangan

Perbedaan utama antara Linux dan sistem operasi populer lainnya terletak pada kernel Linux dan komponen-komponennya yang bebas dan terbuka. Linux bukan satu-satunya sistem operasi dalam kategori tersebut, walaupun demikian Linux adalah contoh terbaik dan terbanyak digunakan. Beberapa lisensi perangkat lunak bebas danopen source berdasarkan prinsip-prinsipcopyleft, sebuah konsep yang menganut prinsip: karya yang dihasilkan dari bagiancopyleft harus juga merupakan copyleft. Lisensi perangkat lunak bebas yang paling umum, GNU GPL, adalah sebuah bentukcopyleft, dan digunakan oleh kernel Linux dan komponen-komponen dari proyek GNU.

Sistem Linux berkaitan erat dengan standar-standar POSIX, SUS, ISO dan ANSI. Akan tetapi,  distribusi baru Linux-FT saja yang mendapatkan sertifikasi POSIX.1.

Proyek-proyek perangkat lunak bebas, walaupun dikembangkan dalam bentuk kolaborasi, sering dirilis secara terpisah. Akan tetapi, dikarenakan lisensi-lisensi perangkat lunak bebas secara eksplisit mengijinkan distribusi ulang, terdapat proyek-proyek yang bertujuan untuk mengumpulkan perangkat lunak-perangkat lunak tersebut dan menjadikannya tersedia dalam waktu bersamaan dalam suatu bentuk yang dinamakan distribusi Linux.

Sebuah distribusi Linux, yang umum disebut dengan "distro", adalah sebuah proyek yang bertujuan untuk mengatur sebuah kumpulan perangkat lunak berbasis Linux dan memfasilitasi instalasi dari sebuah sistem operasi Linux. Distribusi-distribusi Linux ditangani oleh individu, tim, organisasi sukarelawan dan entitas komersial. Distribusi Linux memiliki perangkat lunak sistem dan aplikasi dalam bentuk paket-paket dan perangkat lunak yang spesifik dirancang untuk instalasi dan konfigurasi sistem. Perangkat lunak tersebut juga bertanggung jawab dalam pemutakhiran paket. Sebuah Distribusi Linux bertanggung jawab atas konfigurasi bawaan, sistem keamanan dan integrasi secara umum dari paket-paket perangkat lunak sistem Linux.

Distro Linux

Terdapat banyak distribusi Linux (lebih dikenali sebagai distro) yang dibuat oleh individu, grup, atau lembaga lain. Masing-masing disertakan dengan program sistem dan program aplikasi tambahan, di samping menyertakan suatu program yang memasang keseluruhan sistem di komputer (installer program).

Inti di setiap distribusi Linux adalah kernel, koleksi program dari proyek GNU (atau proyek lain), cangkang (shell), dan aturcara utilitas seperti pustaka (libraries), kompilator, dan penyunting (editor). Kebanyakan sistem juga menyertakan aturcara dan utilitas yang bukan-GNU. Bagaimanapun, utilitas tersebut dapat dipisahkan dan sistem ala UNIX masih tersedia. Beberapa contoh adalah aturcara dan utiliti dari BSD dan sistem grafik-X (X-Window System). X menyediakan antarmuka grafis (GUI) yang umum untuk Linux.

Contoh-contoh distribusi Linux :

• Ubuntu dan derivatifnya : Sabily (Ubuntu Muslim Edition), Kubuntu, Xubuntu, Edubuntu, GoBuntu, Gnewsense, ubuntuCE
• SuSE
• Fedora
• BackTrack
• Mandriva
• Slackware
• Debian
• PCLinuxOS
• Knoppix
• Xandros
• Sabayon
• CentOS
• Red Hat
• ClearOS
• Chromeos

Cara mendapatkan linux.
Banyak cara untuk mendapatkan linux, tergantung dari distro yang diinginkan. Seperti contoh bila ingin mendapatkan Linux dengan distro ubuntu:

1. Masuk ke halaman ini: http://www.ubuntu.com/
2. Klik Get Ubuntu Now
3. Setelah itu diklik download and install
4. Pilih versi yang paling teratas (untuk saat ini versi teratas ubuntu 11.10) update 30/11/2011 atau klik disini untuk langsung mendapatkan ubuntu 11.10
5. Setelah selesai didapatkan .iso filenya. Bisa langsung diburn image ke CD ataupun ke USB.
6. Setelah itu bisa langsung digunakan dan bisa langsung diinstall. Try it and install it.

Sumber:  http://www.ubuntu.com/, http://id.wikipedia.org/wiki/linux